有人会问：姚期智为什么回国？2004年，姚期智离开普林斯顿大学回到中国，在清华大学担任教授。当时姚期智回国的目的就是要推动中国计算机科学的发展。他认为，最具有成效的一个方法就是培养计算机科学领域的精英人才。这是一项非常艰难的工作。从一开始，姚期智的目标就非常明确——在计算机科学领域，为最聪明的中国学生创造学习、研究的良好环境，以对他们将来的发展有所帮助。

姚期智全职回国

姚期智的全职回国，填补了国内计算机学科的空白：这不只是因为他无可争议的学术地位，更因为在他所从事的算法和复杂性领域，当时几乎还看不到中国国内学者的身影。而这一领域既是美国理论计算机科学的主流方向，又是计算机界最高奖项——“图灵奖”获奖人数最多的一个方向。

2004年，姚期智决定将57岁以后的人生回*****，开创科学研究的新舞台。他毅然辞去了普林斯顿大学**教职，卖掉了在美国的房子，正式加盟清华大学高等研究中心任全职教授。

2005年3月16日，获得北京永久居留权的“绿卡”。 

2005年，由姚期智主导并与微软亚洲研究院共同合作的“软件科学实验班”（后更名为“计算机科学实验班”，也被称为“姚班”）在清华成立，并先后招收大一、大二两班学生。次年3月，姚期智在致清华全校同学的一封信中掷地有声地写到：“我们的目标并不是培养优秀的计算机软件程序员，我们要培养的是具有国际水平的一流计算机人才。” 

在清华大学先后创办计算机科学实验班（姚班）、理论计算机科学研究中心（itcs）、交叉信息研究院（iiis）和量子信息中心（cqi）。他从清华开始，逐步建立中国的计算机理论科学的研究队伍，试图在国际上造成影响。

2007年3月29日，教育部部长周济、科技部部长徐冠华共同到清华看望姚期智。周济强调，姚期智全职归来并带动一批人才回国发展，堪称一面“旗帜”。徐冠华也谈到，像姚期智这样的旗帜性人物回国必然会产生“放大效应”。